생태계보전부담금, 대상·제외·납부·반환사업·지역계수

생태계보전부담금 제도에 대해 정리해 보겠습니다. 부과대상과 제외대상, 부담금 산정 방식과 지역계수 적용법, 납부 시기 및 절차 등을 정리하였으며, 자연환경보전사업을 통해 부담금 일부를 환급받을 수 있는 반환사업 제도와 실제 복원 사례도 알아보겠습니다.


생태계보전부담금이란?

생태계보전부담금은 개발사업으로 인해 자연환경이 훼손될 경우, 그 손실에 상응하는 비용을 사업자가 부담하도록 한 제도입니다.

생태계보전부담금, 대상·제외·납부·반환사업·지역계수

「자연환경보전법」 제46조에 근거하여 부과되며, 이렇게 징수된 부담금은 훼손된 생태계를 복원하고 환경보전 사업에 사용됩니다.

쉽게 말해, 개발로 파괴된 자연을 회복하기 위한 환경복구 비용이라고 이해하시면 됩니다.


생태계보전부담금 부과 대상

부담금이 부과되는 사업은 일정 규모 이상의 개발사업으로, 대표적으로 다음과 같은 경우가 포함됩니다.

  • 전략환경영향평가 대상계획 중 개발면적 3만㎡ 이상 사업
  • 환경영향평가 대상 사업 (환경영향평가법 제22조 및 제42조에 해당)
  • 소규모 환경영향평가 대상 개발사업 중 개발면적 3만㎡ 이상 사업
  • 광업법에 따른 노천탐사·채굴사업 중, 인가면적이 10만㎡ 이상이거나 허가면적이 5천㎡ 이상인 경우

즉, 아파트 건설, 산업단지 조성, 대규모 토목공사, 채굴 사업 등이 대표적인 대상입니다.

생태계보전부담금 제외대상 사업

다음의 경우에는 부담금 부과에서 제외됩니다.

  • 자연환경보전사업 자체
    • 이미 생태계 보전·복원을 목적으로 추진되는 사업
  • 해양생태계보전부담금 대상 사업
    • 「해양생태계 보전 및 이용에 관한 법률」 제49조에 따른 바다·바닷가 사업
  • 국방·군사시설 사업
    • 「국방·군사시설 사업에 관한 법률」에 따른 군사 목적 사업(전액 면제)
  • 특정 보전지역 내 보전시설 설치
    • 생태·경관보전지역 등에서 환경 훼손을 방지하기 위한 시설

즉, 자연을 보전하기 위해 추진되는 사업이나 국방 목적 사업은 면제된다는 점이 특징입니다.

참고 : 생태계보전부담금 업무편람(2022.3.)


생태계보전부담금 납부시기

부담금은 개발 인·허가와 연계되어 납부 통지 후 1개월 이내 납부해야 합니다.

  • 부과 시점: 인·허가 처분 시
  • 통보 기한: 승인기관이 20일 이내 시·도지사에게 통보
  • 납부 기한: 부과권자가 사업자에게 납부고지를 하고, 납부기간은 1개월
  • 분할 납부 가능:
    • 부과금액이 1천만 원 초과 시, 최대 3년 범위 내 분할 가능
    • 납부횟수: 최대 4회(금액 구간별 제한 있음)

생태계보전부담금 산정 기준

부담금은 ‘생태계 훼손 면적’을 기준으로 산정됩니다. 「자연환경보전법 시행령」 제37조에 따라, 훼손 면적은 다음 행위가 발생한 지역의 면적을 말합니다.

  1. 토양 표토층을 제거·굴착·성토하여 토지 형질변경
  2. 식물 군락을 제거·파괴
  3. 습지를 매립·준설·간척 등으로 훼손

다만, 이미 시설물이 설치된 부지, 공장용지·학교용지·도로 등 일부 용도지역은 제외됩니다.

실제 유의해야 할 사례

  • 통보 지연 또는 누락: 승인기관이 기한 내 통보하지 않아 행정 문제가 발생하는 사례가 있음
  • 사업계획 변경 미통보: 개발 면적 축소·확대 등 변경 사항이 발생했음에도 통보하지 않아 부담금 정산이 어려워진 경우
  • 제출 서류 미비: 산정명세서나 증빙자료가 불충분하여 반려되는 경우

따라서 승인기관과 사업자는 반드시 절차와 제출 서류를 숙지하고 준비해야 합니다.


인허가 기관의 통보 의무

개발사업 인·허가를 승인한 기관은 승인일로부터 20일 이내에 해당 내용을 시, 도지사에게 통보해야 합니다.

관련 근거 : 자연환경보전법 시행규칙 제35조(사업의 인허가등의 통보)

통보 내용에는 다음 항목이 포함됩니다:

  • 생태계 훼손 면적
  • 토지 용도별 훼손 면적
  • 생태·자연도 권역 및 지역별 훼손 면적

제출 서류에는 인허가 통보서, 산정명세서, 증빙자료, 고시문, 용지도, 생태자연도 등이 포함됩니다.


생태계보전부담금 산정 방식과 지역계수

부담금은 생태계 훼손면적 × 단위면적당 금액(300원/㎡) × 지역계수로 산정됩니다.

2022년 개정 이후, 지역계수는 용도지역과 생태·자연도 권역을 모두 반영합니다.

  • 용도지역별 지역계수
    • 주거·상업·공업·계획관리지역: 0~1
    • 녹지지역: 2
    • 생산관리지역: 2.5
    • 농림지역: 3
    • 보전관리지역: 3.5
    • 자연환경보전지역: 4
  • 생태·자연도 권역별 지역계수
    • 3등급 권역: 2
    • 2등급 권역: 3
    • 1등급 권역: 4
    • 별도관리지역: 5

👉 최종 적용은 (용도지역 계수 + 생태·자연도 계수) ÷ 2 값입니다.


생태계보전부담금 반환사업

생태계보전부담금은 단순히 징수에서 끝나지 않고, 실제로 훼손된 자연을 복원하는 데 재투자 됩니다.

반환사업 제도를 통해 사업자가 직접 자연환경보전사업을 시행하면 납부한 부담금의 일부를 돌려받을 수 있습니다.

참고 : 생태계보전부담금 반환사업 사례집(2014~2021)

  • 추진 근거: 「자연환경보전법」 제50조
  • 반환 비율: 사업자가 환경부 승인을 얻어 복원사업을 시행할 경우, 납부 부담금의 50% 이내 반환
  • 대상사업:
    • 생태복원, 소생태계 조성, 생태통로 조성, 서식지 복원 등
    • 단, 부담금 부과대상 개발사업 자체에 포함되는 일부 사업은 제외
  • 사례:
    • 안산 수인선 폐철도 주변 금개구리 서식처 복원(2014)
    • 대전 도심 속 생태오아시스 조성(2014)
    • DMZ 일원 훼손지 자생종 복원(2015) 등


생태계보전부담금은 단순한 행정 절차가 아니라, 개발과 환경보전의 균형을 맞추는 중요한 제도입니다. 개발사업자는 부담금 부과대상 여부를 반드시 확인하고, 승인기관 역시 인허가 통보를 신속하게 이행해야 불필요한 행정 차질을 예방할 수 있습니다.

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